2000 tot 2009: Tweede Intifada en Gaza

17 oktober 2001 Minister Ze’evi vermoord
De Israelische minister van Toerisme Rahavam Ze’evi wordt in een Jeruzalems hotel door Palestijnse terroristen vermoord.
28 maart 2002 Arabisch vredesvoorstel
De Arabische Liga, bijeen in Beiroet, neemt unaniem een vredesinitiatief aan waarin wordt opgeroepen tot Israelische terugtrekking uit de (resterende van de) in 1967 door Israel veroverde gebieden, een rechtvaardige oplossing voor het Palestijnse vluchtelingenprobleem en de oprichting van een Palestijnse staat met als hoofdstad Oost-Jeruzalem — alles in ruil voor erkenning van Israel en volledige normalisering van de betrekkingen.
29 maart 2002 Operation ‘Defensive Shield’

De deels verwoeste Muqata in Ramallah, waar PLO-leider Arafat zijn laatste jaren sleet.
Tijdens de eerste seidernacht van 2002 worden 30 Israeli’s gedood bij een zelfmoordaanslag op het Park Hotel in Netanya. Vanwege de escalerende tegen Israel gevoerde Palestijnse terreuroorlog lanceert Israel Operatie Defensive Shield, een grootschalige militaire inval in de door de PA gecontroleerd gebieden. Het hoofdkwartier van PLO-leider Jasser Arafat in Ramallah, de Muqata, wordt omsingeld en van de buitenwereld afgesloten. Arafat zal het pand nog maar één keer verlaten, op weg naar een Parijs ziekenhuis waar hij op 11 november 2004 komt te overlijden.
15 augustus 2005 Ontruiming van de Gazastrook

Ruim 8000 Joden werden in 2005 uit hun huizen in de Gazastrook gezet.
In opdracht van premier (en oud-generaal) Ariel Sharon evacueert Israel alle ruim achtduizend Joodse burgers uit de 21 nederzettingen in de Gazastrook. Zelfs de Joodse graven worden geruimd. Formeel moet de Palestijnse Autoriteit er het bestuur gaan uitvoeren, maar uiteindelijk wordt het gebied overgenomen en gemilitariseerd door de door Iran gesteunde terreurbeweging Hamas. De burgerbevolking van de strook dient daarbij als menselijk schild. De terugtrekking brengt Israel geen veiligheid, maar jaren van raketaanvallen en terroristische aanslagen.
12 juli 2006 Tweede Libanonoorlog

Een door een Hezbollahraket getroffen woning in Haifa.
De Tweede Libanon Oorlog begint op 12 juli met een terroristische infiltratie van Hezbollah waarbij drie Israelische militairen worden gedood en er twee worden ontvoerd. Tegelijkertijd worden burgerdoelen aan Israels noordgrens met artillerie en raketten beschoten.
Het Israelische tegenoffensief duurt tot 14 augustus 2006. Tijdens de oorlog voert Hezbollah raketbeschietingen uit op dorpen en steden in Noord-Israel.
10 juni 2007 Machtsovername Hamas in de Gazastrook
De lang sudderende machtsstrijd tussen Hamas en de PLO/Palestijnse Autoriteit loopt uit op een kleine burgeroorlog in de Gazastrook. Na vijf dagen zijn de PLO en de Palestijnse Autoriteit uit de strook verdreven en heeft Hamas het bestuur overgenomen.
6 september 2007 Operatie ‘Orchard’
De Israelische luchtmacht vernietigt een in aanbouw zijnde nucleaire reactor in het Syrische Deir ez-Zor. Het gaat om een door Noord-Korea uitgevoerd project, waarvan Israel en de VS vermoeden dat het tot doel heeft om kernwapens te ontwikkelen.
21 september 2008 Olmert treedt af
Nadat een aantal strafrechtelijke onderzoeken tegen hem werden ingesteld voor corruptie tijdens zijn periodes als burgemeester van Jeruzalem en als handelsminister en premier van Israel, treedt premier Ehud Olmert af. Hij wordt uiteindelijk veroordeeld tot 27 maanden gevangenisstraf, waarvan hij er 16 uitzit tussen 2016 en 2017. Tzipi Livni neemt over als waarnemend premier.
26 december 2008 Operatie ‘Cast Lead’
Met de drie weken durende militaire interventie ‘Cast Lead’ beoogt Israel een eind te maken aan de voortdurende raketaanvallen van Hamas op Israelische burgerdoelen.